La Unidad de Auditoría Interna es la unidad independiente y objetiva de aseguramiento y consulta, concebida pra agregar valor y mejorar las operaciones de la Secretaría.  Su ámbito de acción comprende la evaluación de los aspectos presupuestarios, económicos, financieros, patrimoniales, de legalidad, de gestión, así como de sistemas, procedimientos y métodos de trabajo implantados. Sus atribuciones son las siguientes:

• Asesorar a las autoridades de la Secretaría sobre la correcta utilización de recursos financieros asignados a la Institución;
• Evaluar el cumplimiento de los objetivos, metas, productos y beneficios planificados con relación a los montos utilizados en forma eficiente, efectiva y económica;
• Comprobar que los ingresos percibidos corresponden a los niveles proyectados y si están registrados adecuadamente;
• Verificar si la Secretaría, en sus operaciones administrativas y financieras ha cumplido con los procedimientos legales para la contratación y adquisición de bienes y servicios;
• Evaluar si el ambiente y la estructura de control interno ofrece la seguridad necesaria para el registro, control, uso e información de los activos, derechos y obligaciones.